¿Qué hace que ciertas cosas prueben bien juntas?

Es principalmente química. Encontré este libro fascinante: Taste Buds and Molecules: El arte y la ciencia de la comida, el vino y el sabor: Francois Chartier

La red de sabores y los principios del emparejamiento de alimentos
A veces tienen compuestos de aroma comunes, en la cocina occidental, a veces, los evitan, como en la cocina oriental. A veces se debe a que ciertos sabores son demasiado fuertes y otros a equilibrarlos, como el limón y el azúcar en la limonada. El azúcar es demasiado dulce por sí mismo, el limón es demasiado ácido, pero se equilibran.
Parcialmente es debido a la tradición. Las cosas que estamos acostumbrados a tener juntos, saben mejor juntos, y asociamos esos aromas con los mejores.
Parcialmente se debe a la percepción. Si queremos disfrutar de una combinación de sabores, podemos aprender a apreciarlos juntos.

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