¿Cómo funcionan los flagelos rotativos con ruedas en las bacterias y por qué no ha evolucionado aún más?

Casi todas sus preguntas necesitan una explicación adecuada. Tengo poco tiempo por el momento, pero puedo vincular fuentes creíbles para cada pregunta que explican las respuestas de manera sucinta. Si necesita más explicaciones, no dude en preguntar.

Cómo funciona
Se necesita más investigación, pero mira esto: un motor rotativo impulsa el movimiento bacteriano

Evolución
Bueno, este es fácil. ¿Por qué evolucionan las estructuras? Cuando hay suficiente presión ambiental que obliga a un organismo a evolucionar para sobrevivir. A las bacterias como E. Coli les está yendo bien con la estructura del flagelo actual.

Más información: Evolución de flagelos

Resuelve el rodamiento de cilios
Supongo que por “eje normal” te refieres a los cilios? Los flagelos y los cilios, aunque son estructuralmente idénticos, pueden cumplir diferentes funciones. Los cilios móviles tienen dos funciones principales:
1- Locomoción, es decir, ayudar a una célula a moverse en una dirección determinada.
2- Barrer, es decir, mover líquido sobre su superficie.

Flagella solo tiene una función especializada: impulsar una célula hacia adelante rotando de forma organizada. Cilia, por otro lado, avanza y retrocede.

Cilia necesita el mecanismo que usa actualmente porque es mucho más eficiente para mover líquidos que el movimiento giratorio del flagelo.

Reacción de los científicos tras el descubrimiento
No tengo idea de ser honesto. Tal vez tener en sus manos el artículo original ayudaría: Las bacterias nadan girando sus filamentos flagelares