Algunos microorganismos son bastante fáciles de cultivar. E.coli y S. cerevisiae (levadura) son ejemplos clásicos.
Los microorganismos que son difíciles de cultivar generalmente se adaptan a un ecosistema afinado que consiste en numerosas variables. Por ejemplo, ciertas bacterias solo pueden crecer en un cierto rango de temperatura y presión. Sin mencionar las bacterias que viven en asociación con otros microorganismos y no pueden sobrevivir sin ellas.
Es difícil recrear el ecosistema perfecto en el laboratorio y es por eso que es difícil cultivar la mayoría de los microorganismos.