Respuesta corta : el gen rRNA 16s se usa porque-
- es ubicuo (presente en casi todas las bacterias).
- es el más estudiado y caracterizado.
- tiene región conservada y variable.
- gen multicopia
Respuesta larga:
Las bacterias necesitan expresar sus genes en proteínas para sobrevivir (a través del dogma central, desde el ADN hasta el ARN, luego desde el ARN hasta la proteína).
Para producir proteínas a partir del ARN a través del proceso de traducción, los ribosomas desempeñan un papel muy importante. Por lo tanto, la presencia de ribosomas es imprescindible para que las bacterias sobrevivan.
Ahora, los ribosomas procarióticos contienen tres ARN ribosomales. Y, esos son 5s RNA, 23s RNA y 16s RNA. El gen de estos tres ARN está presente en el genoma de cada bacteria.
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Todos los tres rRNA (o genes de rRNA) tienen el potencial de ser utilizados como material para la identificación y clasificación de bacterias. Pero, 5s y 23s no se usan porque-
- 5sRNA (o gen) es demasiado pequeño (aproximadamente 120 bp) para ser confiable para la identificación y para estudiar la relación filogenética.
- 23s ARN (o gen) es muy diverso. Incluso dentro del genoma procariótico indivisual, está diversificado (diversidad de genes de ARNr 23S dentro de genomas procariotas individuales).
Entonces, ahora llegando al gen 16s, se usa para la clasificación de bacterias porque-
- El uso de genes rRNA 16s hace que sea fácil apuntar a una amplia variedad de bacterias para la clasificación y el análisis filogenético.
- Es un gen multicopia (en el genoma hay muchas copias), lo que hace que sea fácil detectarlo
- Consiste en regiones conservadas y variables. Por lo tanto, uno puede diseñar un cebador universal para la región conservada para apuntar a todas las bacterias. Al ejecutar PCR (reacción en cadena de la polimerasa), uno puede amplificar el gen 16s a través de una región variable. Ahora, determinar las diferencias en la secuencia de bases en la región variable permite la determinación de varias especies. Y, el grado de diferencia en las bases de la región variable determina su cercanía filogenética.
- Los genes 16s rRNA han sido estudiados extensamente y están bien caracterizados.
Espero eso ayude.
Gracias
Abhinaba Chakraborty
