¿Dónde viven las buenas bacterias en el cuerpo humano? Entiendo que viven en el tracto digestivo y la vagina. ¿Viven en otro lugar?

Por toda la piel, para empezar. Los olores que asociamos con los pies y las axilas son en realidad residuos bacterianos de los residentes de esas áreas.

No estoy seguro de la superficie de los ojos o dentro de los pulmones, pero probablemente. Hay tantas bacterias en el aire, la probabilidad es que algunas bacterias en algún momento han logrado instalarse sin matarnos, y una vez que lo hacen, ocupan el nicho y luchan contra las bacterias patógenas que de lo contrario invadirían.