¿Cuáles son las mejores herramientas para la minería de texto de artículos de biología molecular y microbiología?

ABNER es una herramienta bien conocida para el reconocimiento de entidades con nombre en textos biológicos:
http://pages.cs.wisc.edu/~bsettl…

Entonces es BANNER:
http://banner.sourceforge.net/

También hay un gran proyecto académico colaborativo que apunta a respaldar la biocuración mediante la extracción automática de texto, imágenes y otros medios, SciKnowMine. Esto acaba de comenzar, y no tiene nada disponible públicamente aún:
https://wiki.birncommunity.org:8443/display/NEWBIRNCC/SciKnowMine

Supreme Content

¿Qué enzimas y sistemas de degradación existen en el núcleo de la célula?

¿Qué piensan los estudiantes de medicina sobre estudiantes de doctorado en biología molecular?

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Cuando se usa un hemacitómetro para contar las células, ¿cuál es el término para el dispositivo utilizado para registrar manualmente el recuento a medida que aumenta?

¿Aumentan los retrovirus las posibilidades de anormalidades cromosómicas?

El enlace contiene http: //biocreative.sourceforge.n … algunas herramientas biomédicas de procesamiento del lenguaje natural.
ABNER y GENIA ( http: //www-tsujii.is.su-tokyo.a …) son herramientas de álamo. Se puede acceder a ellos usando GATE ( http://gate.ac.uk/ ). También Lingpipe ( http://alias-i.com/lingpipe ) también se puede usar para etiquetar entidades biomédicas.

Martin Griffies

Si está satisfecho con la extracción de resúmenes de PubMed y el texto completo de código abierto, entonces el sitio Quertle.info es excelente. El motor Quertle se basa en el software comercial MedScan de Ariadne.
En el dominio público, póngase en contacto con NaCTeM en la Universidad de Manchester, Reino Unido.

Martin Griffies

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