¿Qué enzimas y sistemas de degradación existen en el núcleo de la célula?

Hay una gran cantidad de enzimas en el núcleo: polimerasas, nucleasas, etc., etc. Pero supongo que te refieres a las enzimas de degradación, y más específicamente a las proteasas. Si es así, la actividad proteolítica principal en el núcleo (como en el citosol) son los proteasomas, junto con un número bastante grande de aminopeptidasas y oligopeptidasas para realizar el procesamiento final de los péptidos a aminoácidos.

Como parece que estás muy interesado en las nucleasas en el núcleo, una búsqueda rápida de ” nucleasas en el núcleo” en Google Scholar nos da pistas.

Los primeros dos documentos relevantes son
La endonucleasa G es una ADNasa apoptótica cuando se libera de las mitocondrias.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubm
Una nucleasa inducida por giberelina se localiza en el núcleo de células de aleurona de trigo que experimentan muerte celular programada.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubm

Como era de esperar, estas dos nucleasas degradan el ADN y son parte de la apoptosis. En el primer caso, la nucleasa se libera y se localiza en el núcleo. El segundo es provocado por una hormona.