Esto actualmente es desconocido, pero hay algunas hipótesis sobre por qué Orthohepadnaviruses no tienen un genoma de dsDNA completo.
Para comprender estas hipótesis, es importante comprender lo que se sabe sobre el ensamblaje de Hepadnavirus. Durante una infección, la célula transcribe una forma de ARN del genoma que es responsable de traducir las proteínas y sirve como plantilla para la transcripción reversa. Esta forma de ARN se denomina “ARN pregenómico” o pgARN. A diferencia de la mayoría de los virus, que empaquetan copias genómicas del virus en viriones, los hepadnavirus empaquetan pgRNA en su lugar, aunque la transcripción inversa del pgRNA en la cadena genómica ssDNA negativa está estrechamente relacionada con el empaquetado del genoma en cápsides. El ADN de sentido positivo solo puede sintetizarse después de que se sintetiza la cadena de ADN ssD de sentido negativo completo, en cuyo punto el genoma está en gran parte encapsulado.
A partir de esto, han surgido dos hipótesis para explicar por qué el genoma de ADN de sentido positivo no se sintetiza completamente:
La estructura de la cápside proporciona impedimentos estéricos a la síntesis de la cadena positiva del ADN genómico. Básicamente, esta es la idea de que el ADN de cadena positiva ocuparía demasiado espacio en el virión y, por lo tanto, causaría que todo el virus sea inestable. Citar: El dominio rico en arginina de la proteína del núcleo del virus de la hepatitis B es necesario para la encapsidación pregenómica y la síntesis productiva de ADN de cadena positiva viral, pero no para el ensamblaje del virus.
Los dNTP en el virión se agotan antes de que la síntesis de la cadena con sentido positivo pueda finalizar. Esto está respaldado por experimentos en los que la cadena de sentido positivo se extendió permeabilizando la envoltura de HBV y añadiendo dNTP exógenos. Cita: Replicación del genoma de un virus tipo hepatitis B mediante la transcripción inversa de un ARN intermedio
Sin embargo, debe tenerse en cuenta que no todos los genomas de dsDNA que pasan por un paso de transcripción inversa son incompletos. Avihepadnaviruses y Caulimoviruses ambos tienen genomas de dsDNA y se someten a la transcripción reversa, y sus genomas son en gran parte dsDNA completo.
