Idealmente, usarías algún tipo de buffer. El tampón estándar típicamente usado en biología molecular es Tris-HCl 10 mM, pH 8,5, es decir, tampón EB.
¿Por qué importa el búfer? El ADN es sensible al pH. Si está en un ambiente muy ácido, las bases son susceptibles a la depuración. Si se encuentra en un entorno muy básico, se vuelve susceptible a la hidrólisis básica. También está la pequeña cuestión de DNases que están mintiendo en todo el espacio.
Además, ¿te importa el empaque del ADN? ¿Todavía quieres tus marcadores epigenéticos y el empaque de cromatina de tu ADN? En el agua, una gran cantidad de la estructura de orden superior y el contenido de información en el genoma se disiparían.
Dicho esto, almaceno mi ADN en agua pura todo el tiempo y todavía logré graduarme.