En primer lugar, es muy poco probable que dicha fusión haya sido necesariamente un “evento único”. Dado que existen numerosas diferencias entre eucariotas y procariotas, es casi inconcebible que cada diferencia se acumule en una sola generación.
Cuando observamos las dos grandes diferencias entre los procariotas y los eucariotas, núcleos y mitocondrias, cada uno de los cuales resulta de un simbionte internalizado (o eso es lo que dice la teoría), no hay problema aquí con la descendencia procariota.
En el caso de las mitocondrias, estas se replican independientemente de la célula eucariota más grande. Como tal, cualquier progenie florecida que incluyera mitocondrias continuaría hospedando tales mitocondrias. Este es un excelente ejemplo de cambio evolutivo no directamente y simplemente registrado en el genoma. Siempre que la inclusión de un simbionte productor de ATP sea beneficiosa para el huésped, de modo que supere a los competidores sin tales mitocondrias en conjunto a lo largo del tiempo, entonces, con el tiempo, cualquier progenie potencial que carezca de mitocondrias simplemente sería superada por cualquier descendiente que tenía tales mitocondrias. Con el tiempo, podrían surgir mecanismos para mantener el equilibrio durante la división, pero la ausencia de estos no plantearía un problema al principio.
En cuanto a los núcleos, dado que el material genético está contenido en el núcleo, cualquier progenie sin ese núcleo simplemente no sería progenie. Inicialmente, podríamos esperar que la frecuencia de la división nuclear y celular pueda haber operado independientemente una de la otra, como es el caso actualmente de la división celular mitótica y la fisión mitocondrial. Sin embargo, dados los altos costos (metabólicamente hablando) de crear y mantener ácidos nucleicos en su secuencia y conformación apropiadas, las presiones selectivas habrían sido fuertes para impulsar las tasas de división en sincronicidad, evitando así la poliploidía (copias múltiples de cromosomas) en una célula . Y cualquier cosa que brote sin un cromosoma completo simplemente no sería una célula en absoluto.
