Los genomas completos de varios aislados diferentes de la cepa O104: H4 (así como una serie de cromosomas, plásmidos y fagos) se pueden encontrar aquí: Escherichia coli O104: genoma completo H4
Un documento que describe los aislamientos es la Comparación Genómica de Escherichia coli O104: H4 Isolates from 2009 and 2011 Reveals Plasmid, and Prophage Heterogeneity, Incluyendo Shiga Toxin Encoding Phage stx2