La primera distinción que debe hacerse es que al secuenciar el microbioma, está secuenciando todos los microorganismos en su cuerpo. Eso es más de cien billones de genomas microbianos diferentes . De acuerdo, no todos van a ser sustancialmente diferentes, pero aún lejos de ser idénticos.
La secuenciación del genoma personal, por otro lado, es solo el genoma de una sola persona . Cada célula del cuerpo tiene el mismo material genético, con pequeñas mutaciones puntuales, pero no lo suficiente como para llamarse “diferente”.
Debido a que el genoma humano completo no codifica para algo importante, solo segmentos seleccionados del genoma se secuencian realmente. Un gen está compuesto de regiones llamadas intrones y exones. Solo los exones codifican las proteínas, por lo que no hay ningún beneficio en secuenciar los intrones.
Cada compañía hace su secuencia de forma un poco diferente, pero la mayoría busca lo que se llama polimorfismos de un solo nucleótido o SNP. Estas son pequeñas variaciones en el genoma humano. Debido a que todos los humanos tienen 99.9% (algunas fuentes dicen 99.5%) similares, sería una pérdida de tiempo secuenciar el porcentaje que es similar. En cambio, los SNP conforman esa pequeña diferencia y, por lo tanto, están secuenciados para identificar los rasgos que pueden contribuir a las diferencias en apariencia, susceptibilidad a la enfermedad, etc.
La secuenciación micorbial, por otro lado, utiliza principalmente la secuenciación de ARN ribosómico 16S , que solo se encuentra en bacterias. Debido a que la mayoría de las investigaciones se han enfocado en esta región, identificar un organismo basado en su secuencia de ARNr 16S es mucho más fácil que tratar de usar otra región.
Secuenciación del gen del ARNr 16S para la identificación bacteriana en el laboratorio de diagnóstico: ventajas, peligros y trampas
