No, la variedad en el tamaño del pene nunca ha servido para ningún beneficio evolutivo.
Además, la diferencia entre el tamaño más grande y el más pequeño en realidad no es tan diferente de la mayoría de las otras proporciones del cuerpo. Una persona muy alta (sin gigantismo) puede ser hasta un 40% más alta que una persona muy corta (sin enanismo), y un 25-30% más alta que la media. Un pene grande suele ser un 50% más largo que el promedio. No es una gran diferencia.
La única posibilidad real es que a veces vemos que los rasgos divergen o irradian por sí mismos cuando no están sujetos a presiones selectivas. Dado que el tamaño no afecta la forma en que un pene hace su trabajo, es probable que haya sucedido solo.