Los cromosomas son difíciles de generar. Requieren regiones reguladoras de ADN complejas, como los orígenes de la replicación, los centrómeros distintos (para la alineación y la segregación durante la división celular), los cromosomas lineales necesitan telómeros. Y esos son requisitos mínimos para la replicación cromosómica.
También necesitan todos los genes necesarios para regular los procesos que dependen de estas regiones reguladoras, así como de todos los genes necesarios para la vida celular.
Es mucho más fácil empaquetar un grupo de genes en unos pocos cromosomas que tener un solo cromosoma para cada gen. De hecho, probablemente no habría suficiente espacio en la celda para contener y usar todos los cromosomas si fuera un gen por cromosoma.
E incluso si esto fuera posible, todo ese ADN extra (de las regiones reguladoras necesarias para cada cromosoma) tendría un efecto negativo en el crecimiento, la supervivencia y la reproducción del organismo en cuestión. Aquellos que comenzaron a poner genes múltiples en un solo cromosoma comenzarían a competir con aquellos que no lo hicieron.
