Diría simplemente porque son fáciles de ver.
Primero descubrimos los órganos, que eran todos estos objetos extraños y de formas diferentes en nuestro cuerpo que hacían cosas.
Cuando Robert Hooke descubrió el microscopio notamos que hay estructuras más extrañas en nuestro cuerpo, a las que llamamos células. Luego vimos que hay diferentes células con diferentes funciones, al igual que los órganos.
Nuestra categorización de las cosas en la ciencia generalmente comienza con lo que es visible. Una vez que descubrimos los órganos y las células, comenzamos a categorizarlos en función de su química y funciones realizando extraños experimentos con ellos.
Tal vez algún día clasifiquemos los cuerpos según su contenido de Higgs-Boson o algo así.