Las estimaciones sugieren que hay alrededor de 400 especies individuales de bacterias en las heces que se pueden cultivar. La mayoría son anaerobios obligados. Cuando las personas hablan de bacterias fecales, generalmente se refieren a Escherichia coli, Streptococcus faecalis y Clostridium perfringens. Estos son relativamente menores pero fáciles de cultivar. Entre los anaerobios estrictos, miembros del género Bacteroides (al menos 10 especies), p. Ej., B thetaiotamicron; Género Bifidobacterium (varias especies) eg B adolescentis; género Ruminococcus, por ejemplo, R bromus.
Una referencia conveniente en la que se nombran las especies es Moore y Holdeman. Las investigaciones más resentidas suelen utilizar sondas moleculares que identifican los grupos principales pero que pueden no identificar las especies tradicionales
Flora fecal humana: la flora normal de 20 japoneses-hawaianos WEC Moore, LV Holdeman – microbiología aplicada, 1974
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