¡Circunstancia!
Muchas de las bacterias llamadas “beneficiosas” o comensales / mutualistas también son patógenos oportunistas. Dadas las circunstancias correctas, pueden causar infección y enfermedad. Algunas veces esto se debe a barreras físicas (cutáneas o intestinales, por ejemplo), a un cambio en su sistema inmune, o a una infección y reclutamiento por parte de otra bacteria.
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En cuanto a qué diferencia a las cepas patogénicas de las que están estrechamente relacionadas y no causan enfermedad, la diferencia más común es un conjunto de genes que permiten la infección, que a menudo se encuentra en un fragmento de ADN extracromosómico, como un plásmido. Este plásmido a veces puede compartirse no solo con cepas no patógenas de la misma especie (lo que les otorga la capacidad de causar infección), sino también con otras especies bacterianas. Este es también un mecanismo común para la transferencia de otras propiedades, como la resistencia a los antibióticos.
