Necesitan algo más que estar sumergidos, necesitan agua para fluir sobre ellos, esta es la razón por la cual los tiburones que tienen sus aletas cortadas (ilegalmente, debo agregar) por sopa de aleta de tiburón, se ahogan cuando son arrojados de vuelta al océano. Las branquias tienen vasos sanguíneos y similares similares a nuestros pulmones, en los alvéolos, y estos vasos sanguíneos necesitan oxígeno nuevo para introducirse en ellos a menudo con el fin de suministrar suficiente oxígeno al animal al que están unidos. Logramos esto mediante la respiración, los peces logran esto nadando y haciendo que el agua que contiene oxígeno disuelto pase sobre sus branquias.
Olvidé exactamente el motivo, pero sus branquias son mucho más eficientes que nuestros pulmones.
Adición:
Me doy cuenta de que realmente no respondí la pregunta muy bien, sus branquias deben sumergirse en agua para funcionar porque el agua actúa igual que la mucosa en nuestros alvéolos, el oxígeno debe disolverse para difundirse en la sangre.
¡Espero que esto ayude!
Editar: ortografía y gramática.