¿Por qué ciertas bacterias pueden prosperar en los pulmones mientras que otras bacterias tienen dificultades para hacerlo?

Evolución. La primera respuesta golpea esto con precisión. Dentro de nuestro cuerpo existen pequeños ecosistemas que operan sin nuestra conciencia. Es decir, hasta que comiencen a causar problemas como infecciones e inflamación. Somos un solo organismo pero dentro de nosotros hay millones de otros organismos que compiten, alimentan, sobreviven y se adaptan constantemente. Aquellos que se adaptan mejor en su entorno dado no serían adaptados si se los coloca en un entorno completamente nuevo y diferente.

¿Por qué los peces viven bien en el mar, pero tienen problemas para sobrevivir en la tierra? ¿Por qué a las aves les va bien en el cielo, pero no tan bien en el agua? Porque encontraron su nicho y se han adaptado para vivir en su entorno óptimo. Este tipo de pregunta es como preguntar por qué un cocodrilo puede prosperar en un río, pero no en el océano. Demasiadas cosas de las que hablar para explicar por qué están donde están. Seguramente hay una pregunta más profunda que intentas hacer, que esta superficial.