¿Cuál es la secuencia / procedimiento para identificar microorganismos desconocidos en un laboratorio de una muestra determinada?

Adquirir espécimen.

Dependiendo del sitio de la muestra, coloque un frotis en un portaobjetos y / o coloque directamente en placas de agar. Esto puede ser un simple BAP, MAC, CNA hasta el protocolo de muestras de heces, que es bastante extenso.

Diapositiva de Gram y puntuación. Dar un informe preliminar. Mientras tanto, incube las placas de agar en consecuencia: CO2, AnO2 e incluso la temperatura.

Al día siguiente, lee las placas. Describa la forma de las colonias, registre el crecimiento o no crezca en las placas, la opacidad, el tamaño, el color, el aroma, etc. Lea el patrón de hemólisis. Coloración de gramo de colonia y aislar para ID si no flora normal. Si toda la flora es normal, informe y finalice. Si se sospecha patógeno, aislar y trabajar con pruebas adicionales y / o pruebas del kit. Identificar patógeno. Da otro informe preliminar.

Dependiendo del patógeno, mejore la sensibilidad e informe.

El protocolo de laboratorio puede variar. Trabajé en un laboratorio donde untaron muestras de orina para la tinción de Gram. Ningún otro laboratorio en el que trabajé hizo eso.

Todos los laboratorios trataron CSF como stat.

El conocimiento de qué patógenos son para cada sitio es crucial, así como saber cuáles son las características de la flora.

Casos inusuales requieren pruebas mucho más extensas. Consultar con el microbiólogo clínico puede ofrecer instrucciones sobre cómo proceder con el trabajo.

Esperar lo inesperado. Un frotis faríngeo puede mostrar N. gonorrhoeae y el paciente manifiesta dolor de garganta. Puede completar espacios en blanco.

Existen “tiras de prueba” diseñadas por API que brindan resultados de pruebas múltiples utilizando versiones miniaturizadas de pruebas metabólicas típicas (por ejemplo, Kliger-hierro, hidrólisis de almidón, prueba de catalasa, prueba de oxidación / fermentación, etc.) diseñadas para identificar tipos específicos de bacterias Este es el método de identificación más rápido, pero probablemente el menos preciso, en comparación con la realización de cada prueba metabólica de forma individual. Sin embargo, este último puede consumir mucho tiempo, lo que no sería ventajoso si estuviera en juego la salud de un paciente.

Comience desde lo básico 1) inspeccione el color, el olor, los bordes y los límites de las colonias. 2) inspeccionar debajo del microscopio, observar su forma, longitud y organización. 3) tinción; por ejemplo, tinción de gram, gram positivo (púrpura) o negativo (marrón). Otros staning como lípidos, flagelos, etc. 4) prueba de metabolismo. Pon todos tus hallazgos juntos y haz algo de investigación. Mi sugerencia usa este libro para identificar tu microbio * Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey *

Depende de lo que quieras saber y del tipo de laboratorio. Si se trata de un aislado puro, puedes cultivarlo, extraer el ADN, usar PCR para amplificar la región 16S y luego enviarlo para Sanger Sequencing. Luego compara esa secuencia con secuencias conocidas en bases de datos en línea.

Si no es puro, puede extraer ADN total para hacer la secuenciación de Illumina en la región, o subcultivar en algunos medios varias veces para obtener cultivos puros. En este caso, pondría presiones de selección en la cultura, por lo que todo lo que crece se selecciona artificialmente.

También puedes ver las pruebas bioquímicas y la tinción de Gram, pero la forma más fácil es simplemente cultivarla, aislando el ADN y la secuenciación.

Prepare un caldo nutriente a partir de la muestra

2. Haga diluciones en serie que van desde 10-1 a 10-5

3. Prepare una placa de vertido duplicada e inocule con las diluciones 10-5 y 10-6.

4. Incubar a 35 ° C durante 48 h

5. Esté atento al crecimiento, luego extienda la colonia representativa en una nueva placa de agar, incube como de costumbre.

5. Puede pasar a la prueba bioquímica

Nota: necesitarás el manual de Bergey.

Estoy a punto de ser corregido.

Cada vez más, el ADN secuencia la muestra. Este es potencialmente el método más rápido y más agnóstico, con un sesgo mínimo.

Para un ejemplo particularmente dramático de esto, vea NGS Saves A Young Life

Primero, si aún no conoce el tipo de microorganismo (hongos, bacterias, algas u otros) y es cultivable, puede examinar sus características macroscópicas y microscópicas; también puede obtener una respuesta de ese examen (utilice la Biblia). de identificación micobial: bergeys), pero si no está lo suficientemente seguro con el resultado o es un microorganismo no cultivado, puede realizar un método molecular mediante secuenciación con cebador universal como ITS para hongos, 16S para bacterias o 18S para algas.

Si recuerdo correctamente, necesitas teñir gram la bacteria. Bajo microscopía, serán gram positivos o gram negativos. También observa la forma de las bacterias individuales como si fueran redondas o en forma de varilla.

También puede identificar una cepa bacteriana por la aparición de colonias o en qué medio crece la bacteria.

Si tiene mucho dinero disponible, puede hacer una secuencia de ADN.