¿Por qué las bacterias del agua no se vuelven resistentes al tratamiento con cloro?

Debido a que el cloro crea un ambiente en el que no pueden sobrevivir ya que no podemos respirar el agua. No está diseñado para matar bacterias, simplemente no pueden vivir en él. Por supuesto, es importante verificar los niveles en todo momento porque demasiado no es bueno para las personas tampoco.

Algunos de ellos lo hacen. Ver, por ejemplo, el siguiente documento:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

Por la misma razón, una cucaracha nunca se volverá resistente a un martillo. Hay límites sobre cuánto puede adaptarse una especie a su entorno.