Las respuestas aquí en cierto modo pierden el sentido. Es totalmente posible tener sistemas sexuales masculino / femenino sin tener un cromosoma Y. Hay varios casos de esto.
En los humanos y otros mamíferos therian, los machos son el sexo heterogamético. Hay otras especies en las que el macho es heterogamético pero su cromosoma Y no es homólogo al nuestro. XX / XY es simplemente nuestro sistema de nombres para especies con heterogametos masculinos. En aves, las hembras son heterogaméticas. En estos casos llamamos a los cromosomas sexuales ZZ (hombres) y ZW (mujeres).
Creo que estás implícitamente haciendo una pregunta más profunda aquí: ¿por qué hay diferentes cromosomas sexuales?
La principal respuesta aquí es que en los mamíferos y muchos otros linajes, el sexo se hereda como un rasgo mendeliano. ¡Intenta recordar la biología de la escuela secundaria haciendo los cuadrados de punnett! * 
En general, en las especies con cromosomas sexuales dimórficos, el sexo primero se determina durante el desarrollo por la presencia o ausencia de un gen determinante del sexo. En humanos y otros mamíferos therian, este gen es SRY (un factor de transcripción) ubicado en el cromosoma Y. Varias líneas de secuencia y evidencia sugieren que este gen resultó de una duplicación del gen SOX3 relacionado, que posteriormente divergió y adquirió la función determinante del sexo al invadir las regiones reguladoras de un importante gen regulador de testículos presente en todos los vertebrados (SOX9). La invasión regulatoria ocurre cuando, a través de la mutación, un sitio de unión del factor de transcripción surge espontáneamente en las regiones reguladoras de otro gen y el nuevo factor de transcripción altera su patrón de expresión. **
Ahora, cuando un gen adquiere una función primordial de determinación del sexo, causa un cambio importante en las presiones impuestas sobre su cromosoma huésped. En el caso therian, la presencia de un gen que fuerza el desarrollo masculino (en este caso al activar el factor testicular ubicuo SOX9) en la Y primordial (en este punto, por otro lado, idéntica a la X primordial) impulsa la migración de genes implicados en funciones específicas como la espermatogénesis en el cromosoma con el gen determinante masculino. Esto se debe a que la translocación cromosómica se produce de forma aleatoria, pero cuando se juntan los alelos que tienen mayor aptitud cuando se heredan conjuntamente, el nuevo grupo de vinculación tiende a permanecer intacto en las escalas de tiempo evolutivas.
Con el tiempo, este proceso de mover genes al cromosoma determinante masculino (Y primordial) impulsa la divergencia de la X primordial. Cada nuevo gen que migra allí disminuye la homología (ver cromosomas homólogos) de los primordiales X e Y, lo que disminuye la tasa de la recombinación genética entre ellos. La divergencia se acelera aún más por un efecto llamado trinquete de Muller en el que las mutaciones de varios tipos se acumulan en la nueva Y debido a la pérdida de la reparación de recombinación. El trinquete Mullers afecta a la X pero no de forma tan severa porque el 50% del tiempo la X se encuentra en un cuerpo con otra X (mujeres) y puede someterse a reparación. La Y es extremadamente pequeña en comparación con la X y está poblada de manera desproporcionada por los genes de espermatogénesis porque otros loci que captan una mutación inactivadora se dejan seudogeneizar debido a que no pueden repararse.
¿Entre la selección natural y la selección sexual, que ha contribuido más a la evolución humana?
¿Por qué algunos gemelos se parecen?
Eso básicamente nos deja donde estamos; un cromosoma X que contiene genes que todo el mundo necesita, un cromosoma Y que es pequeño y sesgado en su contenido de genes hacia los genes específicos de los machos (lo contrario es cierto en las especies ZZ / ZW). Los cromosomas Y a veces se “rejuvenecen” un poco al agregar material de autosomas cuando ocurren translocaciones, pero la tendencia sigue siendo la agrupación de los genes masculinos y la pérdida de otros genes.
* Como nota al margen, algunas especies de peces heredan el sexo genéticamente, pero como un rasgo polygenenic no mendelian. Muchos reptiles que comparten porciones significativas de sus genes de diferenciación de gónadas con mamíferos también carecen de cromosomas sexuales y en su lugar determinan el sexo con la temperatura. Entonces, aunque los cromosomas sexuales son comunes, de ningún modo son esenciales para mantener un sistema de determinación del sexo masculino / femenino.
** Otra nota al margen, en reptiles, SOX9 es activado o desactivado por la temperatura, en aves por algún factor de transcripción aún no identificado, en algunos peces por la muerte de la hembra dominante y cambios en las hormonas. De hecho, si experimentalmente activamos SOX9 de la manera en que lo hace SRY, podemos forzar a todas estas especies a convertirse en machos
