¿Todas las bacterias estarán muertas eventualmente?

A la pregunta literalmente; Por supuesto
Al intento de preguntas; absolutamente no

Finalmente, la tierra no podrá soportar la vida. O el sol destruirá el planeta, o los océanos se evaporarán. Por supuesto, esto último no impide una supervivencia subterránea.
Si te refieres a todo el universo, la muerte eventual de todas las estrellas y / o la muerte por calor del universo significarán el final de las bacterias.
En cuanto a la humanidad matando todas las bacterias. Los antibióticos afectan principalmente a los cuerpos y animales humanos. Incluso en esos casos, no se destruye ni cerca del 100 por ciento de las bacterias en nosotros.
Los desinfectantes (que matan al 99.9 por ciento) solo se aplican en superficies muy limitadas. Para destruir todas las bacterias en un área significativa, necesitarías hacer que sea incapaz de soportar cualquier tipo de vida (calor extremo, algunos químicos extremos, radiación extrema). A menos que la humanidad esterilice completamente la tierra, las bacterias estarán bien.
Ellos ni siquiera se ponen en peligro. Una sola célula e.coli colocada en condiciones apropiadas puede fácilmente superar en número a la humanidad en unas diez horas más o menos.
En cuanto a las consecuencias. Las bacterias son bastante esenciales para la descomposición y otros procesos necesarios para el suelo fértil. También juegan un papel importante (aunque menos esencial que la mayoría de la gente piensa) en la salud humana. Las cianobacterias también son bastante importantes para el oxígeno

Me temo que si eso es posible, puede tomar mil millones de años para que ocurra. Las bacterias están en todas partes. Los encontramos con la tierra en el barro. Incluso los encontramos dentro de nuestras tripas. Sin embargo, no todas las bacterias son malas. Hay microorganismos vivos que son beneficiosos para nuestra buena salud. Estos se llaman probióticos. Para saber más sobre esto, puedes consultar Best Probiotics 2015 | Los mejores suplementos probióticos.

Matar a todas las bacterias en la tierra no es realista. Hay muchos probióticos (bacterias beneficiosas) en la tierra. Nosotros los seres humanos no podemos vivir sin ellos. Solo muy pocas bacterias o virus causan enfermedades.
Tal vez algún día, cuando los seres humanos nos extingamos, la bacteria siga
existir en la tierra.

No lo creo.
Las bacterias nos superan en número astronómico a uno y están en todas partes. Están en la tierra, en los océanos, en lagos ácidos o que contienen sal, en el exterior de todos los seres vivos y en el interior de todos los seres vivos.
Las bacterias han sobrevivido desde el comienzo de la vida en este planeta, y para ellos nosotros y nuestros antibióticos son solo un punto débil en su existencia …