El hierro y el manganeso en el agua promueven el crecimiento de bacterias. Estos organismos obtienen energía para el crecimiento de la reacción química que ocurre cuando el hierro y el manganeso se mezclan con el oxígeno disuelto. Estas bacterias forman un crecimiento espeso de limo en las paredes del sistema de tuberías. Este limo es de color negro y óxido debido a hierro y manganeso, respectivamente.
Ejemplos de bacterias oxidantes de hierro:
Thiobacillus ferrooxidans, Leptospirillum ferrooxidans, Leptospirillum ferriphilum, Leptospirillum ferrodiazotrophum, Ferrovum myxofaciens.
Ejemplos de bacterias oxidantes de manganeso:
Citreicella manganoxidans, Leptothrix, Bacillus cereus, Bacillus pumilus.