La mayoría de las bacterias conocidas son heterótrofas, no autótrofos. E. coli es un buen ejemplo aquí, ya que realmente le gusta comer azúcar y proteínas.
En términos generales, las bacterias autótrofas vienen en dos sabores: quimioautótrofos y fotoautótrofos. Los quimioautótrofos (generalmente), como Geobacter , viven en lugares con muy poco oxígeno y usan electroquímica (el mismo tipo de química que en su batería típica) en los metales circundantes para generar la energía necesaria para adquirir carbono y otros nutrientes. Los fotoautótrofos realizan la fotosíntesis, aunque no todas las bacterias realizan el mismo tipo de fotosíntesis que las plantas (por ejemplo, Chlorobium no produce oxígeno).