Las bacterias nitrificantes obtienen su energía para el crecimiento de un grupo que consiste en oxidar amoníaco o más bien iones de amonio en nitrito o en otro grupo de bacterias nitrificantes que oxidan el nitrito en nitrato. Varios géneros pueden oxidar el amoníaco, pero solo un grupo, Nitrobacter, puede vivir de la energía fina que obtiene de la oxidación del nitrito.
Las bacterias desnitrificantes usan nitratos como un medio para oxidar su fuente de energía, es decir. azúcares, etc. En el proceso, los nitratos, que son una buena fuente de nitrógeno para las plantas, se convierten en nitrógeno gaseoso. Esta es una pérdida importante de nitrógeno disponible para la agricultura. La desnitrificación también es una fuente del gas de efecto invernadero muy fuerte, el óxido nitroso N2O.
