Las bacterias atípicas no son detectables en la tinción de Gram y no pueden cultivarse usando métodos estándar. Estas son bacterias que no se colorean con tinción de gram pero permanecen incoloras: no son ni Gram-positivas ni Gram-negativas. También se conocen como bacterias incompletas.
Estos incluyen Chlamydiaceae y Mycoplasmataceae (incluyendo mycoplasma y ureaplasma ); Legionella pneumophila y Rickettsiaceae también se consideran atípicas.
Las Chlamydiaceae y Mycoplasmataceae carecen de una capa de peptidoglicano por lo que no retienen el cristal violeta ni la safranina, lo que no da color.