No hay ninguna razón por la cual una bacteria no pueda extinguirse. Dado que probablemente solo conocemos una pequeña fracción de todas las bacterias, docenas podrían extinguirse todos los días sin que lo sepamos. Las bacterias que conocemos están probablemente entre las más populosas y, por lo tanto, es menos probable que se extingan en la pequeña escala de tiempo en que las hemos estado nombrando. El pequeño tamaño de las bacterias y la falta de partes duras significa que esencialmente no tenemos información sobre especies bacterianas en el pasado.
Sin embargo, el concepto de especie en las bacterias es mucho más flexible que en los eucariotas. Las bacterias intercambian ADN libremente todo el tiempo, por lo que la similitud del ADN entre dos bacterias que consideramos como la misma especie es mucho menor que entre dos especies de eucariotas. Consideraríamos la infertilidad como un requisito mínimo que define una especie eucariota, aunque hay otras definiciones más estrictas. Pero esto no se aplica a las bacterias. Entonces, encontrar una unidad de la que se puede decir que se ha extinguido es mucho más difícil.
