Las únicas formas que conozco de determinar el transcriptoma completo de cualquier célula requiere lisis y secuenciación de su ARNm.
Una forma de caracterizar directamente un perfil trnascripcional de algunos ARNm a la vez es FISH para ellos a través de la hibridación fluorescente in situ de ARNm. Ver video: Visualización de ARNm: hibridación fluorescente in situ | Protocolo
Otra opción es mediante el examen del expresoma de una célula, que es indicativo del transcriptoma. Por lo tanto, al examinar la expresión de proteínas, se puede inferir la transcripción de ARNm. Al menos para las proteínas de superficie y algunos restos intracelulares, esto se puede hacer con citometría de flujo multiplexada, pero solo un puñado de proteínas por ciclo.
Nota: Los métodos de examen no destructivo del transcriptoma de una célula tienen el potencial de alterar el perfil transcripcional de dicha célula. Mientras que con la lisis celular, no hay tiempo para que una célula reaccione y altere su transcriptoma.
Puede haber otros métodos, pero estos son dos para comenzar.
