Casi seguro.
Si bien es cierto que las bacterias brindan servicios esenciales, pocos y posiblemente ninguno de estos servicios son provistos exclusivamente por una sola especie de bacteria.
El análisis de la microbiota intestinal se ha centrado en la identificación de especies, porque las herramientas para identificar especies (análisis de genes de ARN ribosómico) están relativamente bien desarrolladas y son fáciles de aplicar. Muchos de los primeros análisis de la composición del microbioma se realizaron con la expectativa de que los ensamblajes definibles de bacterias corresponderían a estados de enfermedad o salud. Pero estas expectativas han sido en gran parte decepcionadas. Aunque se han identificado ciertos “enterotipos”, están definidos muy vagamente y son más tendencias estadísticas que un conjunto de reglas. Además, parecen corresponderse con la dieta y el medio ambiente, y tal vez con las influencias genéticas: son respuestas a estos estímulos, en lugar de factores determinantes del fenotipo.
De la aplicación de metagenómica en el microbioma intestinal humano.
La metagenómica y la metaproteómica (los estudios de las suites de genes y proteínas en un microbioma) intentan ir más allá de preguntar “¿quién está allí?” Y preguntar “¿qué estás haciendo?”. Su enfoque está en la función en lugar de la identidad. Dada la gran diversidad genómica dentro de una especie determinada, y las altas tasas de transferencia de genes entre ellos, este enfoque tiene mucho más sentido si queremos entender cómo funcionan los microbiomas en la enfermedad y la salud. E. coli es un buen ejemplo de la diversidad dentro de una especie, de sus 5.000 genes, solo 2.000 son comunes a todas las cepas, y tiene acceso a un “pangenoma” de 13.000 genes.
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E. coli es un habitante común pero no abundante de los microbiomas intestinales humanos. Típicamente comprende menos del 1% de la microbiota de una persona. No conozco ningún tipo de genes o proteínas que se hayan identificado como esenciales para la salud o cualquier función del microbioma. Es poco probable que E. coli sea esencial para la supervivencia humana en su papel como miembro del microbioma. La única forma de probar esto sería demostrar que está completamente ausente en humanos sanos. Pero mostrar que no hay una sola célula de E. coli en el intestino de alguien es probablemente imposible y ciertamente inútil.
Si E. coli resulta esencial para la supervivencia humana, será en su papel como un caballo de batalla de la ingeniería genética. Quizás se usará para producir una vacuna o antídoto contra una pandemia que destruye la civilización. O será diseñado para absorber carbono de la atmósfera o los océanos antes de freír el planeta. Pero a falta de estos escenarios, es solo otro error.
El análisis metaproteómico fecal revela un microbioma funcional personalizado y estable y los efectos limitados de una intervención probiótica en adultos.
Más allá de la filotipación: comprender el impacto de la microbiota intestinal en la biología del huésped.
