Es una matriz tipo gel compuesta de agua, enzimas, nutrientes, desechos y gases y contiene estructuras celulares tales como ribosomas, un cromosoma y plásmidos. Las bacterias a diferencia de los organismos eucariotas, no tienen un núcleo encerrado en la membrana.
Ayuda al movimiento de materiales celulares y transporta el material genético y los productos de la respiración celular. Almacena los productos químicos y nutrientes y da forma a la bacteria.