Para la digestión de alimentos, es el lumen [cavidad central] del segundo segmento del intestino delgado llamado yeyuno.
La comida se descompone parcialmente en todo el sistema digestivo y la digestión enzimática comienza en la boca con una amilasa y una lipasa, que comienzan a descomponer los carbohidratos y las grasas, respectivamente. El estómago produce una proteasa [pepsina] y una lipasa. La comida parcialmente digerida ingresa al duodeno [primer segmento corto del intestino delgado] donde se liberan una cantidad de enzimas del páncreas y el hígado y aumenta la digestión enzimática. El duodeno es relativamente corto y cualquier partícula de comida lo transitará rápidamente al segmento mucho más largo, el yeyuno, donde tiene lugar la mayor digestión. Una cantidad relativamente pequeña de digestión continúa en el tercer segmento del intestino delgado [íleon] y el intestino grueso.
La digestión enzimática tiene lugar a menor escala en la mayoría de las células: descompone las biomoléculas (también llamadas digestión) y reformula estos contenidos celulares. La digestión enzimática de compuestos intracelulares se realiza en orgánulos especializados llamados lisosomas.