La polietilenimina (PEI) afecta negativamente a las células principalmente de tres maneras:
- dentro de las nuclas, la PEI se convierte en un polímero catiónico que se une con el ADN cargado negativamente para formar el complejo ADN-PEI. La protonación de PEI causa un flujo de iones hacia el núcleo, posteriormente puede producirse un desorden osmótico y la ruptura de la membrana, el complejo de ADN-PEI entra en el citoplasma y puede descomprimirse;
- La PEI interactúa directamente con los glucanos de la membrana celular y las fosfatidilserinas, el sistema de la membrana se volvió inestable y puede producirse una necrosis directa debido a la rotura completa de la membrana en 30 minutos desde la primera exposición;
- La PEI también tiene influencia sobre el potencial de membrana mitocondrial, cuya pérdida debido a este polímero protonable es uno de los eventos que provocan la apoptosis celular y la muerte; este efecto es más lento que el anterior.