El problema al evaluar esto es que la conexión entre los genes y el cerebro es muy complicada. Es un sistema caótico: un único cambio de base o un cambio en el número de repeticiones de un patrón puede dar como resultado un comportamiento radicalmente diferente. El autismo, la identidad de género, la depresión y la esquizofrenia se han relacionado con cambios tan triviales en el genoma que tienen efectos extensos en el cerebro (aunque el proceso es tan complicado que no podemos rastrear los detalles, por lo que los enlaces son débiles).
Entonces, la Hipótesis de Savannah bien podría mantenerse a un nivel genético. Es bastante probable que la varianza entre nosotros y nuestros antepasados sea menor que la diversidad dentro de la especie humana que sobrevivió al cuello de botella de la población hace 70,000 años. Incluso hoy en día, la diversidad entre los grupos de humanos es menor que la diversidad dentro de los grupos. Sin embargo, esa diversidad resultó entonces, y los resultados ahora, en un amplio rango de comportamiento.
La psicología evolutiva ha tenido un éxito moderado al aplicar cualitativamente el Principio de Savannah para explicar algunos aspectos del comportamiento humano moderno. Hacer que lo cuantitativo haya sido más difícil, ya que el comportamiento es muy variable y difícil de cuantificar. Ha habido éxitos, pero solo con suposiciones y métodos que son dudosos en el mejor de los casos. Aún así, ha sido lo suficientemente exitoso como para validar tentativamente su hipótesis mientras desarrollamos bases de datos de genoma y proteoma más amplias e intentamos desentrañar la gran complejidad que conecta genes a proteínas con la estructura del cerebro y el comportamiento.
Hasta entonces, es un principio rector conveniente, y aceptarlo o rechazarlo (y tratar de confirmarlo o refutarlo) puede producir adiciones útiles al conocimiento humano sin resolver el problema subyacente.