No es muy plausible en muchos, muchos motivos, pero lo más importante es que simplemente no hay evidencia de ello y hay muchas pruebas en contra de ello. Ver Cavalier-Smith (2002) para una buena revisión (es un trabajo grande, buscar espiroquetas para llegar a las secciones relevantes).
La idea es que alguna arqueobacteria engulló una espiroqueta, y se convirtió en el huso mitótico y el cilio (/ flagelo), junto con una fusión del genoma de la arqueobacteria y la espiroqueta. Esto es, a falta de una palabra mejor, ciencia ficción.
Desde mi punto de vista filogenético (no un biólogo celular), el hecho de que no haya evidencia de proteínas citoesqueléticas eucarióticas procedentes de un origen bacteriano es suficiente para descartar la hipótesis. Ni siquiera hay muchas proteínas citoesqueléticas eucariotas que tengan homólogos entre las bacterias.
Y es lo mismo con todas las otras predicciones de la teoría. No es que sea rechazado a priori , es que no se ha demostrado nada de lo que predice. Y de hecho tenemos una idea bastante buena de cómo evolucionaron los cilios: la teoría autógena, en la que los cilios son modificaciones cooptadas de muchos elementos citoesqueletales diferentes. Los pequeños detalles todavía se están trabajando por supuesto, pero como marco, no está refutado y tiene toneladas de evidencia que lo respaldan. No puedo encontrar un artículo de revisión en mi colección, pero Mitchell (2007) tiene una versión de la teoría.
Refs (archivos PDF disponibles bajo pedido):
Cavalier-Smith. 2002 . El origen phagotrophic de eucariotas y clasificación filogenética de protozoos. IJSEM 52 , 297-354. http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0….
Mitchell. 2007 . La evolución de los cilios y flagelos eucariotas como organelos móviles y sensoriales. Avances en Medicina Experimental y Biología 607 , 130-140. http://dx.doi.org/10.1007/978-0-…
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