¿Cuáles son los argumentos clave contra la teoría endosimbiótica?

No es tanto un argumento en contra de la idea, sino más bien una falta de evidencia concreta * para * la idea. Esto habría sucedido hace tanto tiempo que es poco probable que exista evidencia concreta, por lo que el apoyo puede tener que venir de experimentos: ¿financiar a alguien?

El mejor argumento en contra de la teoría es que la Teoría de escape de Organelle explica todo mucho mejor. Evita muchas dificultades.