Eso dependería del plegamiento de la proteína. Como sugiere la siguiente imagen, el estado nativo de la proteína debería haber sido seleccionado en el nivel de aminoácidos, de modo que sea el estado de energía más bajo en esa forma. Esto promueve el correcto plegado de las proteínas para que cumplan la misma función en las generaciones futuras. Algunos de los intermedios, como también se muestran en la imagen, están representados por “pozos” locales, lo que indica que son relativamente estables y podrían permanecer en ese estado. Por suerte para nosotros, la evolución de la miríada de proteínas en la célula también ha seleccionado chaperonas y chaperoninas que ayudan a estos estados parcialmente plegados a lograr la conformación de menor energía de la proteína nativa.
Como se muestra, se puede medir que algunos estados tienen una energía libre incluso más baja que la de la conformación de proteína funcional, lo que conduce a agregaciones esencialmente irreversibles. En el peor de los casos, estos pueden conducir al desarrollo de fibrillas / placas amiloides, que son causas conocidas de muchos estados de enfermedad neurológica (y, de hecho, cosas como cataratas). Como sugiere la imagen, estas agregaciones estabilizadas intermolecularmente pueden tener una gran caída en el pozo de energía libre y el estado general de entropía. Imagine que la imagen tiene una tercera dimensión que sobresale de la pantalla de su computadora, de modo que el diagrama es en realidad un embudo amorfo:
El área de una sección transversal (es decir, el ancho del eje x entre las barreras, que se muestra en la primera imagen) es representativa de la entropía de ese estado de plegado dado. Entonces puede ver que la entropía de una proteína plegada puede ser similar o incluso mayor que la de una proteína mal plegada. El plegamiento incorrecto, de hecho, solo sugiere que se encuentra en un estado indeseable y no funcional. No implica que la conformación particular sea inestable, aunque la biología generalmente ha seleccionado que sea el caso para la aptitud de nuestras células.
En cuanto a la medición de esta entropía, ¿verdad? Al igual que con la mayoría de las mediciones de entropía, puede ser bastante difícil e indirecto. Uno puede confiar en cálculos semiempíricos de los ángulos y las interacciones de los átomos, en comparación con los modelos de estabilidad conocidos (por ejemplo, sumando las energías calculadas de los enlaces / longitudes individuales y la proximidad a otros átomos) o podría sustituir las posiciones individuales de aminoácidos de la proteína y examinar su efecto sobre la estabilidad.