Está sucediendo muy poco en el cromosoma Y además de obviamente determinar el sexo. La mayoría de los otros genes relacionados con el sistema somático han dejado de existir en él. En teoría, pedazos de ADN pueden desprenderse de un cromosoma y volverse a unir a otro cromosoma durante la replicación del ADN, pero en la práctica no creo que haya nada en el cromosoma Y que pueda pasar al cromosoma X.
Esa es la razón de las enfermedades genéticas vinculadas al sexo, como algunos tipos de daltonismo (si una mujer tiene un alelo defectuoso para la percepción del color, es probable que tenga un alelo funcional en el otro cromosoma X, mientras que si un hombre tiene un alelo defectuoso para la percepción del color de la madre no tiene respaldo y por lo tanto presenta problemas de percepción del color).