¿Los virus pueden adaptarse a su entorno?

Sí definitivamente. Hay dos anécdotas que usaría para describir cómo sabemos esto.

Resistencia a los medicamentos del VIH (pero que realmente podría ser VHC o cualquier otro ARN principal):
Los virus de ARN, especialmente el VIH y el VHC tienen tasas de mutación extremadamente altas, lo que permite que existan múltiples variantes de un virus individual en una célula. Muchas veces, cuando se administra un agente antiviral a un paciente con una infección viral, las variantes virales con mutaciones que confieren resistencia al agente antiviral tenderán a expandirse y hacerse cargo, lo que no solo evitará que el paciente se cure, sino que también inutiliza el agente antiviral en ese paciente.

Citomegalovirus del ratón (MCMV) que evoluciona para evadir el sistema inmune del ratón
MCMV (y muchos virus grandes de ADN bicatenario) contienen numerosos genes que evaden el sistema inmune, pero un ejemplo que creo es particularmente interesante para demostrar la adaptación al medio ambiente. MHC clase I es un gen codificado en mamíferos expresado en todas las células nucleadas que permite que las células T CD8 + (“células T asesinas”) reconozcan y eliminen las células infectadas por virus. MCMV codifica un gen (m152) que impide la expresión de MHC clase I, evitando así que las células T CD8 + reconozcan las células infectadas con MCMV. Sin embargo, como esta es una estrategia común entre muchos virus, el sistema inmune de mamíferos ha desarrollado células asesinas naturales (células NK) que reconocen y destruyen células que no expresan MHC de clase I. Para evitar el reconocimiento / muerte de células NK, MCMV codifica OTRO gen , (m158) que puede unir receptores de células NK y “engañarlo” para que piense que estas células en realidad no están infectadas.

Hay incontables ejemplos más que siguen estos paradigmas.

Absolutamente. Este es un ejemplo extremadamente básico: en el ambiente, cuando un virus está inactivo, está hecho de algún tipo de ADN o ARN (un genoma viral) ubicado en un caparazón que protege al virus de fuerzas externas hasta que encuentra un huésped. Cuando un virus encuentra un huésped, activa el material genético latente para engañar a las células del huésped, de modo que producen ADN o ARN vírico en lugar de trabajar para mantener viva la célula anfitriona. El material genético que se fabrica incluye el código genético del caparazón que cubre el virus inactivo, y el último paso antes de que la célula huésped muera es empujar los nuevos genomas hacia nuevos caparazones para que el virus pueda atacar la mayor cantidad posible de células huésped.
Todo este proceso es rápido y sucio. La precisión no es tan importante como la velocidad, ya que en el momento en que el virus ataca a la célula anfitriona, esa célula y todas las funciones biológicas que contiene se necesitan para que más células virales empiecen a morir. Esto causa una amplia gama de variabilidad dentro de los virus que se producen, pero mientras el virus tenga la capacidad de 1: ingresar un 2 de célula que el ADN de esa célula y 3 crear más virus antes de que la célula muera, entonces el virus es efectivo .
Un gran ejemplo de variabilidad entre los virus proviene de la gripe buena y pasada de moda (influenza A). En el pasado reciente, hemos escuchado sobre diferentes cepas de la gripe que han causado pánico. El H1N1, también conocido como “gripe porcina” se llama así porque cada virus de la gripe tiene dos receptores que se unen al huésped y lo inyectan con el genoma viral: una H y una N. Hay 16 tipos diferentes de H y 9 tipos diferentes de Ns. Las combinaciones de estos tipos diferentes nos dicen las diferencias entre H1N1 y H5N1 también conocido como “gripe aviar”. Cada uno de estos Hs y Ns diferentes funciona en algún nivel, pero algunos funcionan mejor que otros.
Entonces, ¿los virus pueden adaptarse a su entorno? Sí, si ese entorno es una célula anfitriona. Si el ambiente está en cualquier otro lugar, en el suelo, en el viento o incluso en el océano: no. Un virus no está vivo cuando no tiene un huésped y el caparazón que cubre el genoma viral no puede alterarse cuando está inactivo.

Por supuesto. Dejenos considerar.
Un virus infecta una célula con un factor de resistencia (digamos endonucleasas). Si el virus tiene una mutación que impide que las endonucleasas lo dividan, es más probable que ese virus se replique.
El ambiente puede tender a estar seco. Un virus que no depende de un sobre de lípidos tiene una ventaja.
Un virus infecta a una especie huésped que ese virus normalmente no infecta. Pueden producirse mutaciones que permiten que el virus se replique más eficazmente en ese host.
Los virus como el VIH pueden evolucionar significativamente dentro de un huésped individual, para evadir el sistema inmune.
Todo si estas son formas de adaptarse a un entorno.