Depende del patógeno y el lugar.
Los métodos moleculares que usan la reacción en cadena de la polimerasa son cada vez más comunes para los patógenos bacterianos y virales. Se puede aprender más información: Detección de virus usando PCR en tiempo real
Pero muchos lugares aún intentan cultivar microorganismos en el medio de crecimiento para identificar patógenos bacterianos o fúngicos.