Métodos de identificación de microorganismos
Las características morfológicas son útiles para identificar microorganismos, especialmente cuando son auxiliadas por técnicas de tinción diferencial (la tinción de Gram y las tintas ácidas rápidas pueden sugerir un curso de tratamiento antes de que el organismo sea identificado positivamente).
La tinción diferencial para las características de la pared celular también se usa como parte de un esquema de clasificación , por lo que este método particular se usa tanto para la identificación como para la clasificación .
Las pruebas bioquímicas para determinar la presencia de varias enzimas se utilizan para identificar microorganismos.
La identificación rápida se puede lograr con conjuntos específicos de pruebas bioquímicas.
Las pruebas serológicas , que involucran las reacciones de microorganismos con anticuerpos específicos, son útiles para determinar la identidad de las cepas y especies, así como las relaciones entre organismos. La aglutinación por deslizamiento, el ELISA y el Western Blot son ejemplos de pruebas serológicas. Yo diría que la citometría de flujo también emplea métodos serológicos, pero no es necesario.
Deslizamiento de aglutinación
ELISA
Western Blot
La tipificación de fagos es la identificación de especies y cepas bacterianas mediante la determinación de su susceptibilidad a diversos fagos.
Los perfiles de ácidos grasos pueden usarse para identificar algunos organismos. El examen de los patrones de esterificación (enlaces éster frente a éter en los lípidos) también puede indicar una relación filogenética a gran escala.
La citometría de flujo mide las características físicas y químicas de las células.
Los métodos basados en ADN y ARN (que incluyen comparaciones% G + C, PCR, secuenciación de ARNr, huella digital de ADN por polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción o RFLP, hibridación de ácidos nucleicos) se usan principalmente para la clasificación en lugar de la identificación, aunque PCR, hibridación de ácidos nucleicos. y la huella dactilar de ADN puede usarse para cualquiera de los dos dependiendo de la aplicación de la metodología.
El porcentaje de pares de bases de GC en el ácido nucleico de las células se puede usar en la clasificación de organismos. los organismos estrechamente relacionados deben tener números similares de% GC, los que varían considerablemente no están estrechamente relacionados. Tenga en cuenta que tener un% GC similar no significa necesariamente que los organismos estén relacionados, pero diferentes significados diferentes .
La reacción en cadena de la polimerasa ( PCR ) puede usarse para detectar pequeñas cantidades de ADN microbiano en una muestra. La amplificación por PCR puede usarse para la toma de huellas digitales de ADN, la secuenciación y la detección de secuencias de nucleótidos específicas de organismos específicos.
Secuenciación de ARNr : la secuencia de bases en el ARN ribosómico se puede utilizar en la clasificación de organismos. Ten cuidado aquí. Puede que no sea el final, todo lo que muchos piensan, dependiendo de cómo se utilicen los datos de secuencia.
Los procariotas tienen ribosomas 70S, cada uno formado por una subunidad pequeña (30S) y una grande (50S).
Su gran subunidad 50S está compuesta de una subunidad de ARN 5S (que consta de 120 nucleótidos), una subunidad de ARN 23S (2.900 nucleótidos) y 34 proteínas.
La pequeña subunidad 30S tiene una subunidad de ARN de 1540 nucleótidos (16S) unida a 21 proteínas.
Los eucariotas tienen ribosomas 80S, cada uno formado por una subunidad pequeña (40S) y grande (60S).
Su gran subunidad 60S está compuesta por un ARN 5S (120 nucleótidos), un ARN 28S (4700 nucleótidos), una subunidad 5.8S (160 nucleótidos) y ~ 49 proteínas.
La pequeña subunidad 40S tiene un ARN de 1900 nucleótidos (18S) y ~ 33 proteínas.
Huella digital de ADN por RFLP
La hibridación de ácidos nucleicos se puede hacer con fragmentos de ADN grandes o pequeños. Las cadenas simples de ADN y ARN de organismos relacionados se unirán por enlaces de hidrógeno para formar una molécula de doble cadena; el porcentaje de hibridación puede indicar la relación entre organismos.
La hibridación de colonias , transferencia de Southern , chips de ADN (microarrays) y FISH (hibridación in situ fluorescente) también son ejemplos de técnicas de hibridación que usan sondas de ADN más pequeñas.
Hibridación de colonias
Tecnología de microarrays
Hibridación In-Situ Fluorescente (FISH)
Las claves dicotómicas se usan para la identificación de organismos. Una clave dicotómica puede incorporar información de una variedad de métodos de identificación para identificar organismos. La clave dicotómica ilustrada a continuación utiliza datos morfológicos y bioquímicos para la identificación.
Los cladogramas muestran relaciones filogenéticas entre organismos. Un cladograma se puede construir utilizando datos de diferentes métodos, pero por lo general utiliza un tipo de información.
Resumen
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