Sucede debido a la superposición espectral (también conocida como sangrado). Si observa de cerca los espectros de excitación y emisión de GFP e YFP, los encontrará superpuestos.
(Fuente: Carnegie Cell Imaging)
El color rojo que está obteniendo se debe al etiquetado RFP.
Hay otro factor importante para eso. La fuente de luz y el conjunto de filtros que está utilizando. Si está utilizando una fuente de láser, puede minimizar el sangrado al elegir la excitación en una región donde haya una superposición mínima. Si está utilizando epi-fluorescencia, la elección del filtro afecta el resultado. Ver el espectro de excitación de DsRed. Si está utilizando un filtro de paso de banda, es muy probable que una fuerte fluorescencia roja sangrará a través de la región verde.
Por lo tanto, hay formas en que puede diagnosticar si la señal que está recibiendo se filtra o una señal real. Un sangrado se solapará completamente con la señal actual. Si puedes ver la misma intensidad en todos los planos tanto para Rojo como para Verde, es muy probable que sea un sangrado (aunque no estoy seguro de cómo esperas que se comporte tu patrón de señal). También puede intentar buscar sistemas alternativos de microscopía donde pueda tener un mejor control en la longitud de onda de excitación.
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