Cualquier software que tenga el concepto de metaballs se encargará del problema por usted. Uno de estos es Blender 3D. Solo tienes que definir un sombreador suficientemente frío para simular lo que está sucediendo dentro de la celda, pero deberías poder hacerlo con una rampa de color basada en la profundidad.
Metaballs en wikipedia
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Con un software 3D como Blender, 3DS Max, Maya, Z-Brush, Mudbox, etc.
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