Si una habitación se deja intacta durante años, ¿comenzará a crecer enfermedades o bacterias dañinas?

Si Life nos ha enseñado algo, es que siempre llenará todos los nichos disponibles. Si existen incluso las condiciones más rudimentarias para que exista vida bacteriana en la habitación (siempre lo están), las bacterias crecerán allí. Todo lo que necesitan es la menor cantidad de humedad y una fuente de energía. Obviamente, las bacterias que prosperarán allí se dictarán, pero qué fuente de energía está disponible.
Dicho eso, no hay manera de evaluar si las nuevas especies realmente evolucionarán en la habitación o si se volverán dañinas para los seres humanos.

si es un cuarto seco que no sepa.

si está húmedo y tiene sustancias orgánicas sí, podría producir hongos que podrían ser dañinos.

No creo que las bacterias de rango libre sean lo que más le interese, ya que la mayoría necesita un huésped y muy pocas pueden sobrevivir durante períodos prolongados de tiempo, algunas pueden.

estaría buscando excrementos de ratón y rata (u otros mamíferos). la habitación en sí no debería ser un problema.

Pocas cosas pueden vivir en un ambiente disociado sin un vector, en este caso los vectores son insectos, mamíferos y aves, supongo que los reptiles podrían ser vectores, pero hasta donde yo sé, no muchas cosas que infectan a los lagartos pueden infectar a los humanos.