¿Cómo se puede crear una clave dicotómica para bacterias desconocidas?

Extrae ADN, amplifica y secuencia uno o varios genes marcadores filogenéticos (p. Ej., El gen 16S rRNA, genes para otras proteínas ribosomales, genes “housekeeping”, etc.) y busca parientes más cercanos. La similitud de secuencia con el golpe más cercano en la base de datos (por ejemplo, BLAST) ya te da una buena estimación de cuán “desconocida” es tu bacteria, ¿es más probable que se trate de una nueva cepa, especie, género, familia …?

Una vez que haya identificado el grupo al que probablemente pertenece, puede calcular un árbol filogenético de su organismo y sus parientes más cercanos (en base a todos los genes marcadores disponibles para ese grupo, o el genoma completo), y caracterizar su bacteria en términos de morfología , ecofisiología y bioquímica para encontrar características interesantes que pueden ser diferentes de sus parientes más cercanos.

Todas las claves dicotómicas clasifican las entidades conocidas, utilizando conocimientos previos y definiciones. Esto significa que el uso de una clave dicotómica está restringido por definición al conjunto de organismos utilizados para crearlo.

Como ejemplo, una clave dicotómica para la identificación de plantas en Europa Central probablemente sea inútil para identificar una planta desconocida endémica de Australia: puede o no depositarla en el grupo grande correcto, clasificarla erróneamente como una planta diferente o simplemente no ser capaz de integrarlo en la taxonomía en absoluto.

En comparación con las plantas, las bacterias son mucho más difíciles de clasificar basándose solo en la morfología, e incluso los grupos relacionados lejanamente comparten algunas de las principales características estructurales y bioquímicas que se utilizaron durante la mayor parte del siglo XX para la identificación de bacterias (tinción de Gram, prueba de Katalase, crecimiento en medios específicos, etc.). Para cuando hayas llevado a cabo todas las pruebas fisiológicas y bioquímicas que te vienen a la mente (y que aún no te permiten clasificar el organismo más allá de una duda razonable), también podrías haber secuenciado su genoma (o parte de él) para identificación más fácil. Volver a la primera parte.

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Un manual que le permite identificar cualquier cosa desconocida simplemente no existe. De lo contrario, alguien más lo habría encontrado ahora, ¿verdad?