Los hongos pertenecen a los eucariotas, que tienen una célula nuclear en la célula, mientras que las bacterias pertenecen a los procariotas, que no tienen energía nuclear. Entonces, todas las diferencias entre pro y eu-karyotes se pueden aplicar a los dos.
También hay algunas diferencias específicas entre hongos y bacterias. Por ejemplo, los componentes y la estructura de su pared celular son diferentes, tienen diferentes ciclos de vida (formas de ganarse la vida), para sumar algunos.