Las bacterias y los virus se pueden distinguir genéticamente mucho más fácilmente que los humanos.
El genoma de cada ser humano es> 99% idéntico al de cualquier otro ser humano [1]. Hemos pasado por varios cuellos de botella en la población en la que la población humana total se redujo a unas pocas decenas de miles de personas [2]. Para una primera aproximación, todos somos gemelos idénticos.
Las bacterias son mucho más diversas. Todas las cepas de la bacteria intestinal común E. coli comparten un genoma central que comprende solo el 40% de su ADN total [3]. Esta es aproximadamente la misma cantidad de identidad de ADN que se comparte entre los mamíferos y las plantas.
El alto nivel de variación entre diferentes cepas de la misma bacteria se puede utilizar para rastrear la propagación de infecciones e identificar su origen. La tipificación de secuencia de múltiples locus [4] es un método para hacer esto, y se ha utilizado para rastrear una cepa de Klebsiella resistente a múltiples fármacos, desde infecciones urinarias hasta carne contaminada [5]. A medida que la secuenciación del ADN se vuelve más barata y más rápida, ahora se usa la secuenciación del genoma completo para rastrear y controlar los brotes [6] [7].
Los virus son incluso más genéticamente diversos que las bacterias, y es probable que la secuenciación viral se convierta en el estándar de oro para detectar e identificar infecciones virales [8] [9].
Entre los organismos celulares (es decir, no los virus), las bacterias contienen la gran mayoría de la diversidad genética, como se indica en esta figura:
Desde Supercomputadoras SDSC, CIPRES Gateway ayuda a definir un nuevo “Árbol de la vida”
Todos los animales y hongos están contenidos en la pequeña rama en la parte inferior derecha con la etiqueta “Opisthokonta”. Los mamíferos comprenden menos de un píxel en esta imagen; la diversidad humana no explicaría ni siquiera un electrón.
Podemos ser muchos, pero todos somos esencialmente clones el uno del otro.
Notas a pie de página
[1] ¿Qué es un genoma?
[2] Inferencia de la historia de la población humana a partir de la secuencia del genoma completo de una persona individual
[3] Comparación de 61 genomas secuenciados de Escherichia coli
[4] Mecanografía de secuencia de multilocus – Wikipedia
[5] Poblaciones de Klebsiella pneumoniae mezcladas entre carnes de venta al por menor e infecciones del tracto urinario humano.
[6] Uso de la secuenciación del genoma completo para rastrear, controlar y caracterizar la expansión regional de ST37 Klebsiella pneumoniae que produce β-lactamasa de espectro extendido
[7] Secuenciación de todo el genoma en el análisis de brotes
[8] El uso de la secuenciación de próxima generación en el diagnóstico y la tipificación de infecciones respiratorias.
[9] Diversidad de nucleótidos dentro del huésped de poblaciones de virus: ideas de la secuenciación de próxima generación.
La pregunta es algo confusa, dado el comentario bajo el título. Usted declara que no está buscando diferencias “en términos de distinguir entre organismos individuales como lo hacemos con las personas”, que (como en los seres humanos) están obligados por la variación del genoma; el mismo alfabeto (notación de ácido nucleico y nucleótidos), con una amplia gama de diferencias en la disposición de cada letra individual, y por lo tanto, diferentes secuencias. En el nivel básico, estas diferencias ordenan la distinción entre cepas individuales dentro de un grupo de virus (como, Enterovirus humano, especies A y B.) Pero luego, el ejemplo de Jerry / Joe-cold sugiere que está buscando una distinción que se base en un núcleo, atributo compartido en una escala mayor; no está claro cómo se traduce en el nivel de la variación genética humana, debido al alto nivel de similitud de secuencia entre los individuos. De esto se deduce que el análisis del virus que infecta tanto a Jerry como a Joe comenzará con un sistema de clasificación en el que las diferencias entre los grupos de virus se pueden mapear adecuadamente al nivel que se busca. Un sistema similar a la clasificación de Baltimore, en el cual la separación de los virus es obligatoria no solo por las diferencias en el genoma, sino también por el método de replicación. Por lo tanto, tiene virus de ARN bicatenario (ARNdc), virus de ARN monocatenario positivo (ARNsi) (+), virus de ARN monocatenario negativo (ARNm) (-), etc. El nivel de similitud que encuentra en su análisis entonces será una consecuencia de las diferencias según ese sistema.
PD 1 Solo para aclararlo, parece que “virii” está ” basado en malentendidos del latín “, y que ” No hay un ejemplo de plural para la palabra virus en latín clásico. ”
PS 2 Dependiendo de si está preguntando sobre las diferencias entre bacterias y virus, ya que “bacteria / virii” no se registra como una conjuntiva para mí, o distinción dentro de cada uno de esos dos, la primera afirmación de Darst puede tomarse como la respuesta correcta.
Como se ha señalado, las bacterias tienen genomas de ADN y no están relacionadas con virus. Los virus pueden tener genomas de ARN o ADN. También en inglés, el plural del virus es virus , no viri.
“Jerry tiene un resfriado. Él se lo pasa a Joe. Al observar el material genético del virus que infecta a Jerry y Joe, podemos decir que están estrechamente relacionados “.
Entonces, ¿nos preguntan si podemos decir si los virus que infectan a diferentes personas están relacionados?
Esa es la relación filogenética entre los patógenos, sí, es posible decir cuán estrechamente relacionados están los patógenos que infectan a las diferentes personas.
Todos los seres vivos y virus tienen partes conservadas y variables de su genoma, la parte conservada identifica la especie y la parte variable permite el rastreo de la cadena de transmisión de la infección, quién infectó a quién.
La tecnología de Next Generation Sequencing (NGS) es una herramienta importante en epidemiología. La capacidad de detectar y rastrear brotes de enfermedades infecciosas es de vital importancia para mantener la salud pública. La secuenciación de próxima generación ha reducido el costo y aumentado la velocidad de la secuenciación del genoma completo.
En 1980, fue necesario un equipo de personas trabajando en un laboratorio durante muchos meses para determinar la secuencia genética de incluso un virus pequeño. La tecnología moderna permite que muchas muestras se puedan secuenciar por completo en unas pocas horas.
Fundación PHG
Interpretar la secuenciación completa del genoma para investigar la transmisión de la tuberculosis: una revisión sistemática
