Por lo que entiendo, todos los genes en las mitocondrias producen proteínas que solo existen en las mitocondrias. Hay muchos genes nucleares que también producen proteínas que se transportan a las mitocondrias, y no sé cuántos de ellos son originalmente del genoma mitocondrial.
A partir de esto, podemos especular que probablemente haya un costo al tener que transportar proteínas desde el núcleo a la mitocondria, y sería mucho más fácil simplemente hacerlas donde se necesitan, especialmente dado que están hechas en cantidades tan altas que puede compensar el costo de tener la maquinaria de transcripción / traducción en las mitocondrias en primer lugar. Tal vez los que fueron expulsados no se producen en cantidades lo suficientemente altas como para valer la pena en las mitocondrias. Quizás las proteínas no son exclusivamente mitocondriales? Quizás los que quedan en la mitocondria todavía están en proceso de migración (este es probablemente un proceso muy lento)? No sé cómo el número y la identidad de los genes que quedan en las mitocondrias varía según la especie para apoyar esta hipótesis.
Sospecho que nunca estaremos seguros de la fuerza selectiva que impulsa la migración del mtDNA al núcleo, pero resolver las preguntas anteriores debería darnos alguna pista. Gracias por una pregunta interesante!