¿Los biólogos saben lo suficiente sobre la célula para poder hacer una simulación por computadora de una utilizando solo partículas elementales como bloques de construcción?

Ni siquiera cerca.

No. Y aunque lo hicieran, es muy difícil simular un sistema de auto modificación. Esto es cierto incluso para un sistema que es homeostático, como las células tienden a ser.