¿Puede haber algas en mi nalgene si no crecen bacterias verdes que pueda ver?

Ciertamente, puede tener un crecimiento bacteriano diferente a las algas, o si hay algún organismo fotosintético presente, puede no estar allí a una concentración lo suficientemente alta como para tener un cambio visible en el agua a simple vista.

Editar para cambios de detalles de preguntas:
El jabón y el agua deberían ser suficientes para limpiar todo lo que crezca en la botella de nalgene. Si parece que hay algo atascado, frótelo con un cepillo. En mis botellas de nalgene encontré que los lugares donde las biopelículas bacterianas gustaban formarse estaban alrededor del interior del pico de la tapa, y en los lugares donde la tapa está en contacto con el pico para sellar la botella. Para llegar a esas partes simplemente use un pincel pequeño.

Las bacterias y biofilms que se forman en una botella de nalgene no deberían representar un riesgo para la salud si solo usas nuestro nalgene para agua. Es probable que cualquier bacteria presente provenga de su boca en primer lugar.